Conteste 2016

 

Contest I

MALDI Imaging von Lipiden und Peptiden

Die bildgebende MALDI-Massenspektrometrie (MALDI Imaging) liefert Informationen über die räumliche Verteilung von Molekülen in einem biologischen Gewebe. Mithilfe der Phospholipid- und Proteinzusammensetzung lassen sich unterschiedliche Gewebetypen und Gewebebereiche detailliert charakterisieren, ohne dass zuvor einzelne Zielmoleküle chemisch markiert oder Gewebestrukturen histologisch angefärbt werden müssen. Änderungen in der Phospholipid- und Proteinzusammensetzung reflektieren dabei häufig Änderungen des metabolischen Zustandes des Gewebes und beschreiben damit zum Beispiel die Eigenschaften und räumlichen Verteilungen von Tumoren und Metastasen. Auf der Proteinebene lassen sich räumliche Informationen und eine valide Identifizierung insbesondere über einen lokalisierten enzymatischen Verdau und anschließende bildgebende MALDI-Massenspektrometrie erreichen. Die Aussagekraft der bildgebenden Massenspektrometrie hängt insbesondere von der räumlichen, aber auch der massenspektrometrischen Auflösung und Genauigkeit des verwendeten Systems ab.

Der Contest hat zum Ziel, die räumlichen Verteilungen von Phospholipiden und Proteinen in Maushirn-Gewebeschnitten zu charakterisieren. Nähere Informationen werden mit den Proben zur Verfügung gestellt. Die Resultate sind bis Ende Mai 2016 einzureichen.

 

 

Contest II

De-Novo Sequenzierung unbekannter Peptide

Die Massenspektrometrie stellt ein leistungsstarkes Instrument zur Untersuchung von Proteinen dar. In der „bottom-up“ Proteomik werden in einem ersten Schritt durch einen enzymatischen Verdau aus Proteinen Peptide generiert. Durch die Fragmentierung der Analyten im Massenspektrometer ergibt sich daraus ein spezifisches Ionenchromatogramm. Diese Technik macht sich die Proteomik zu Eigen, um Informationen aus komplexen Proteinproben zu gewinnen. Aus der Kombination von Vorläufer- und Fragmentionenmassen lassen sich – in der Regel durch eine Datenbanksuche – Peptide identifizieren und den entsprechenden Proteinen zuordnen. Stammt die Probe jedoch von einem unbekannten oder nicht annotierten Organismus, stehen häufig unzureichende oder keinerlei Datenbankinformationen zur Verfügung. An diesem Punkt können die Peptide nicht auf dem konventionellen Weg identifiziert werden. Eine der wenigen Möglichkeiten dennoch die Sequenz zu ermitteln, stellt die manuelle oder algorithmenbasierte De-Novo Peptid-Sequenzierung dar.

Der Contest hat zum Ziel, aus einer unbekannten Probe für 30 synthetische Peptide die exakten Sequenzen zu bestimmen. Nähere Informationen werden mit den Proben zur Verfügung gestellt.

Die Resultate sind bis Ende Mai 2016 einzureichen.